يهتم قسم الباطنة بعلاج الجهاز الهضمي، ولذلك فإن المركز الطبي للمقاولون العرب يضم قسما لرعاية الكبد والمناظير لتشخيص وعلاج الحالات المرضية بدقة وسهولة حيث يضم قسماً داخلياً بسعة 20 سرير وعناية مركزة للحالات الحرجة بسعة 9 أسرة وثلاث أسره للإفاقة ووحدة مناظير جهاز هضمى , تقدم الوحدة المجهزة بأحدث التجهيزات الطبية رعاية تخصصية للمرضى البالغين المصابين بأمراض الكبد المختلفة باللإضافة الى وحدة المناظير المجهزة بمناظير فيديو متطورة من النوع التشخيصي والعلاجي كما ان لديها القدرة على إجراء مناظير القنوات المرارية والبنكرياس . ويستخدم القسم أحدث الاجهزة، بأشراف أطباء مهرة ومتخصصين. ولا يستلزم إجراء المنظار البقاء بالمستشفي، ويمكن للمريض ان يخرج في نفس اليوم . وتنبع أهمية الاجراءات التشخيصية بالمناظير إلى كونها وسيلة آمنة وفعالة تماماً فى تحديد نوع ومدى المرض الموجود , مثل القرح بالجهاز الهضمى أو الالتهابات أو غيرها